Il logo dell'Istituto è costituito da una penna stilografica multicolore. Dal pennino dorato esce uno svolazzo formato da otto fasce colorate, una per ciascun plesso della scuola.
Il logo è stato scelto tra centinaia proposti da bambini e ragazzi: è il prodotto della fantasia di una bambina di quinta elementare.
Il disegno è stato digitalizzato dai bambini con lo scanner e poi ricalcato con un programma di grafica vettoriale. Sul lato sinistro è stato aggiunta, con un carattere calligrafico, la scritta ICS Vimodrone.